嘉兴高铁南站位于嘉兴市南湖区余新镇，总面积为75271平方米，主要分车站建筑和停车场两部分。其中，车站建筑总面积为55904平方米，由车站站房、站台雨棚、地下通道、跨线天桥等部分组成。总面积12797平方米的站房分为三层：底下层主要设计为冻机房、消防水箱、生活加压水泵房；地上一层设计为售票大厅、售票室、候车室及工作人员办公室；地上二层为候车室、医务室、男女浴室、厨房等。候车大厅是该站站房的亮点，分为普通候车厅、无障碍候车厅、团体候车厅、贵宾室等几部分。
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